交叉污染又称传带污染，是指在某一批次饲料产品中混入了上一批或前面某些批次产品中含有而本批次产品中不应含有的饲料添加剂或其他物质。饲料药物添加剂交叉污染可能会造成饲喂动物和动物产品的不安全，从而影响最终消费者的健康。例如，鱼粉肉骨粉等动物源性饲料原料可以在猪、鸡、鱼等单胃动物和水产动物中使用，一旦混放牛，羊等反刍动物饲料，则易引发“疯牛病”带来饲料安全隐患。
防止交叉污染应注意以下几点：
要尽可能缩短输送距离，少用水平输送设备，尽量利用分配器和自流的形式。对于水平输送设备，应尽可能采用带自清功能的刮板输送机。在满足工艺要求的前提下，尽量减少物料提升次数和过渡料斗数量，吸风除尘系统尽可能设置独立风网。加药的复合预混合饲料的剂量和添加应尽量安排再混合机的上部，如果在计量和称重后必须提升或输送，要使用气力输送。
2、制定适当的饲料生产排序表
合理安排生产顺序可以有效防止交叉污染。由于配方、使用原料、加工工艺等方面的原因，上批产品会对下批产品产生影响，合理安排生产计划，做好生产排序工作就是要将这种不良影响减轻到最大限度内。一般原则是，先生产不含药饲料，再生产含药物饲料；生产加药饲料时，先加工含药量低的饲料，再加工含药量高的。更换原料品种时，即使清扫投料口及附近区域，合理控制输送设备运行时间。
3、静电附着
为消除静电，可以在被影响的设备上安装地线；也可以在容易附着饲料的部位安装振荡器，以振落附着物。
4、集尘系统
正确设计集尘风网的空气流速和压力，避免风力过大或过小。一条生产线只生产一种饲料的，收集的粉尘可以回放到下次生产中；连续生产多种饲料的，收集的粉尘应当废弃，避免回放交叉污染，对于生产加药物饲料过程中收集的粉尘，可以废弃不用，也可回放到下次合同一药物的饲料中。
5、混合机残留
混合机是最容易产生交叉污染的设备之一。由于混合机内部结构复杂，是固、液体原料的集结点，很容易在混合机浆叶、喷头周围、混合机顶部、混合机内壁四周产生原料残留，应当及时对混合机进行清理。
6、斗式提升机残留
对于斗式提升机要及时清洗，也可以考虑采用自清式斗式提升机。
7、料仓中残留
料仓设计要科学，当所存放的饲料种类改变时，应该人工进行检查及清理；也可安装振荡器或用空气清扫喷嘴除去残留的饲料。
8、调制器、制粒机及冷却器中的残留
对于冷却器中的残留，只要加以注意及时清除就可以解决。但对于调制器、制粒机中的残留，可采用“冲洗”的办法解决。“冲洗”就是使用一定数量的原料，如玉米粉、豆粕或麦麸等在设备中运转，带走先前加工药物饲料或动物源性饲料时设备上的残留，达到对设备进行清洁的效果。用过的冲刷料要贴上合适的标签存储或直接废弃。
